Kebakaran Hutan
Kemarau panjang tahun 1982 yang mengakibatkan timbulnya kebakaran hutan tahun 1983 sangat merusak nilai-nilai konservasi dan keutuhan kawasan ini. Namun demikian, ada sekitar 100.000 ha hutan di bagian barat terbebas dari penebangan dan kebakaran. Di samping hutan bakau seluas 7.000 ha yang tumbuh dengan baik di sepanjang pantai, hutan yang masih utuh ini umumnya didominasi oleh ulin, meranti dan/atau kapur. Pada daerah hutan yang pernah terjadi penebangan, kerusakan akibat kebakaran hutan lebih berat dan pada daerah hutan yang masih asli kerusakan akibat kebakaran hutan lebih ringan (WWF/IUCN Report No. 10 July 1985, Project 1687: Kalimantan).
Pada tahun 1997–1998 telah terjadi kebakaran di seluruh Kalimantan setelah musim kemarau panjang (akibat El Nino). Berdasarkan data lapangan dari Integrated Forest Fire Management (GTZ-IFFM) saat itu, kebakaran hutan tersebut telah menghanguskan 90% TN Kutai, namun menurut data Balai TN Kutai, kebakaran yang terjadi seluas 78.713,25 ha. Dampak kebakaran tersebut bagaimana pun tidak menyeluruh. Daerah-daerah yang pernah dibuka mengalami kerusakan lebih besar. Pada wilayah-wilayah yang masih lebat, kerusakan terbatas pada lantai hutan dan pohon-pohon kecil, sedangkan pohon-pohon yang besar masih hidup.
Setelah bencana kebakaran berakhir, bagian timur kawasan yang terletak di sepanjang kiri kanan Jalan Bontang – Sangatta dirambah dengan cara dibakar oleh masyarakat sekitar untuk dijadikan lahan pertanian dan pemukiman. Grafik kebakaran hutan TN Kutai tersaji dalam grafik berikut (data sampai dengan bulan November 2005).
Perburuan Liar
Sejak masuknya masyarakat ke dalam kawasan TN Kutai, telah terjadi perburuan liar. Dalam beberapa operasi dan survei yang dilakukan oleh Balai TN Kutai, seringkali ditemukan hasil buruan serta jerat yang dipasang oleh pemburu liar. Namun sampai saat ini, Balai TN Kutai belum memiliki data yang akurat tentang perburuan liar yang telah terjadi.
